p w ś c p s n
 
 
 
 
 
1
 
2
 
3
 
4
 
5
 
6
 
7
 
8
 
9
 
10
 
11
 
12
 
13
 
14
 
15
 
16
 
17
 
18
 
19
 
20
 
21
 
22
 
23
 
24
 
25
 
26
 
27
 
28
 
29
 
30
 
31
 
 
 
 
 
 
 

Zakład Genetyki Drobnoustrojów

Kierownik Zakładu : dr hab. Paweł Stączek, prof. nadzw. UŁ

Adres: 90-237 Łódź, ul. Banacha 12/16, budynek A

Tel: +48 42 635 44 66

Fax: +48 42 665 58 18

e-mail:

 

Pracownicy:

Imię i nazwisko

Telefon

e-mail

Budynek/pokój

Konsultacje

dr hab. Paweł Stączek, prof. nadzw. UŁ (Kierownik)

+4842 635 44 66

A / 387/388

Pn. 09:45-11:45

dr Anita Ciesielska (adiunkt)

+4842 635 47 72

A / 385/386

Wt. 08:15-10:15

dr Paulina Jęcz
(adiunkt)

+4842 635 48 36

 

A/389/390

 

dr Aleksandra Kowalczyk
(adiunkt)

4842 635 48 36

A/ 385/390

 

mgr Adrian Soboń 
(mikrobiolog w gr. prac. nauk.techn)         

4842 635 47 72

A/385/390

 

 

Doktoranci:

 mgr Olga Kuźmycz               4842 635 48 36

                      A/351
   

 

Tematyka badań

 

Aktywność biologiczna pochodnych hydrazyny jako związków o potencjale antybakteryjnym

 

  • Oznaczanie aktywności antybakteryjnej nowo syntetyzowanych związków wobec referencyjnych i klinicznych szczepów bakteryjnych.
  • Określanie właściwości cytotoksycznych, genotoksycznych i mutagennych wybranych związków o najwyższym potencjale antybakteryjnym.
  • Badanie tempa narastania oporności drobnoustrojów na wybrane związki
  • Poznanie mechanizmów działania pochodnych hydrazyny oraz mechanizmów oporności drobnoustrojów

Molekularna diagnostyka i epidemiologia prątków kwasoodpornych z rodzaju Mycobacterium

  • Badanie zróżnicowania genetycznego prątków gruźlicy (Mycobacterium tuberculosis) z zastosowaniem polimorficznych sekwencji DNA (sekwencji insercyjnych, różnych typów sekwencji powtarzających się).
  • Identyfikacja prątków kwasoopornych z rodzaju Mycobacterium  za pomocą metod molekularnych (sekwencjonowanie fragmentów genów 16S rRNA, rpoB; analiza restrykcyjna genu hsp65).
  • Badanie genetycznych mechanizmów oporności M. tuberculosis na leki przeciwgruźlicze (PCR w czasie rzeczywistym, sekwencjonowanie regionów chromosomalnego DNA zaangażowanych w proces lekooporności).
  • Identyfikacja i charakterystyka sekwencji insercyjnych i innych elementów powtarzających się rodzaju Mycobacterium.

 

Biologia molekularna dermatofitów

  • Identyfikacja i genotypowanie klinicznych i środowiskowych szczepów dermatofitów metodami molekularnymi (PCR, PCR- RFLP, RAPD, PCR-MP).
  • Poszukiwanie i analiza genów zaangażowanych w procesy chorobotwórczości dermatofitów. Do tego celu wybrane zostały dwie klasy genów: geny kodujące transportery ABC oraz geny kodujące białka zawierające motywy LysM. Badania obejmują analizę bioinformatyczną genomów dermatofitów, a identyfikowane geny i ich produkty poddane są analizie filogenetycznej, porównawczej, badana jest także ich struktura domenowa. Uzyskane wyniki są podstawą planowanych badań poziomu ekspresji tych wybranych genów w odpowiedzi na czynniki środowiskowe związane z zakażeniem organizmu gospodarza.

 

Pozostałe zainteresowania naukowe:

  • Organizacja przestrzenna chromosomu bakteryjnego
  • Udział alternatywnych drugorzędowych struktur DNA w zmienności genetycznej

Realizowane projekty

  • 2011-2013. Projekt badawczy NCN  nr  NN402 692640 -  Badanie struktury klonalnej klinicznych szczepów dermatofitów izolowanych od pacjentów w regionie łódzkim w latach 2000-2010.
  • 2010-2013. Projekt badawczy MNiSW Nr NN 304099039 - Badania składu gatunkowego i zróżnicowania wewnątrzgatunkowej struktury klonalnej dermatofitów oraz innych grzybów keratynofilnych przenoszonych  w  środowiskach naturalnych przez wybrane gatunki ptaków Polski.
  • 2010-2013.   Projekt badawczy NCN Nr NN302 111338  -  Molekularna epidemiologia prątków gruźlicy: optymalizacja i wstępna walidacja metod genotypowania o wysokiej przepustowości.
  • 2010-2012. Projekt badawczy MNiSW  nr  NN303 568938 - Badania struktury klonalnej Microsporum canis i niektórych innych gatunków dermatofitów izolowanych od ludzi i zwierząt w Polsce.

Współpraca

  • Zakład Chemii Organicznej, Wydział Farmaceutyczny Uniwersytetu Medycznego w Lublinie
  • Instytut Biologii Medycznej PAN w Łodzi
  • Katedra Mikrobiologii Środowiskowej Uniwersytetu Przyrodniczego w Lublinie
  • Klinika Dermatologii, Dermatologii Dziecięcej i Onkologicznej Uniwersytetu Medycznego w Łodzi
  • Department of Biochemistry and Molecular Biology, University of Alabama at Birmingham, USA
  • Institute of Tropical Medicine, Antwerpia, Belgia
  • Nationales Referenzzentrum für Mykobakterien, Forschungszentrum Borstel, Borstel, Niemcy
  • Institute of Medical Mycology, Teikyo University, Japonia

Usługi/Ekspertyzy

  • Molekularna diagnostyka i epidemiologia chorobotwórczych grzybów skórnych (dermatofitów)
  • Molekularna diagnostyka i epidemiologia prątków gruźlicy (Mycobacterium tuberculosis)
  • Ocena mutagenności, genotoksyczności, aktywności antybakteryjnej prekursorów leków

 

 

Wybrane publikacje

Prace doświadczalne

1. Jaworski A., Hsieh W.T., Larson J., Wells R.D., 1987. Left-handed DNA in vivo. Science, 238, 773-777.

2. Zacharias W., Jaworski A., Larson J., Wells.R.D., 1988. The B-Z DNA equilibrium in vivo is perturbed by biological processes. PNAS USA, 85, 7069-7073.

3. Kang S., Jaworski A., Ohshima K., Wells R.D., 1995. Expansion and deletion of CTG triple repeats from human diseases genes are determined by the direction of replication. Nature Genetics, 10. pp. 213-218.

4. Jaworski A., Rosche W.A., Gellibolian R., Kang S., Shimizu M., Bowater R.P., Sinden R.R., Wells R.D., 1995. Mismatch repair in E. coli  enhances instability of (CTG)n triplet repeats from human hereditary diseases. PNAS USA, 92, 11019-11023.

5. Bowater R.P., Jaworski A., Rosche W.A., Kang S., Sinden R.R., Wells R.D., 1996. Relationship between E. coli growth and deletions of CTG/GAC triplet repeats in plasmids. J. Biol. Chem., 264, 82-96.

6. Stączek P., N.P. Higgins. 1998. Gyrase and Topo IV modulate chromosome domain size in vivo.  Mol. Microbiol., 29, 6, 1435-1448.

7. Bacolla A., Jaworski A., Connors T.D., Wells R.D. 2001.  PKD1 unusual DNA conformations are recognized by nucleotide excision repair. J. Biol. Chem., 276, 21, 18597-18604.

8. Bacolla A.,  Jaworski A., Larson J. E., Jakupciak J. P., Chuzanova N., Abeysinghe S. S., O’Connell C.D., Cooper D. N., and Wells R. D. 2004. Breakpoints of Long Deletions Coincide With non-B DNA Conformation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 101, 39, 14162-14167.

9. Sajduda A., Brzostek A., Popławska M., Augustynowicz-Kopeć E., Zwolska Z., Niemann S., Dziadek J. and Hillemann D. 2004. Molecular characterization of rifampin and isonazid-resistant Mycobacterium tuberculosis strains isolated in Poland. J. Clin. Microbiol. 42, 2425-2431.

10. Majchrzak M. , Bowater R.P., Stączek P., Parniewski P. 2006. SOS Repair and DNA Supercoiling Influence the Genetic Stability of DNA Triplet Repeats in Escherichia coli.  J. Mol. Biol. 364, 612–624.

11. Sajduda A., Dziadek J., Kotłowski R. and Portaels F. 2006. Evaluation of multiple genetic markers for typing drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains from Poland. Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 55, 59-64.

12. Brudey K., Driscoll J.R., Rigouts L., Prodinger W.M., Gori A., Al-Hajoj S.A., Allix C., Aristimuno L., Arora J., Baumanis V., Binder L., Cafrune P., Cataldi A., Cheong S., Diel R., Ellermeier C., Evans J.T., Fauville-Dufaux M., Ferdinand S., Garcia de Viedma D., Garzelli C., Gazzola L., Gomes H.M., Gutierrez M.C., Hawkey P.M., van Helden P.D., Kadival G.V., Kreiswirth B.N., Kremer K., Kubin M., Kulkarni S.P., Liens B., Lillebaek T., Ly H.M., Martin C., Martin C., Mokrousov I., Narvskaia O., Ngeow Y.F., Naumann L., Niemann S., Parwati I., Rahim M.Z., Rasolofo-Razanamparany V., Rasolonavalona T., Rossetti M.L., Rusch-Gerdes S., Sajduda A., Samper S., Shemyakin I., Singh U.B., Somoskovi A., Skuce R., van Soolingen D., Streicher E.M., Suffys P.N., Tortoli E., Tracevska T., Vincent V., Victor T.C., Warren R., Yap S.F., Zaman K., Portaels F., Rastogi N. and Sola C. (2006): Mycobacterium tuberculosis complex genetic diversity: mining the fourth international spoligotyping database (SpolDB4) for classification, population genetics and epidemiology. BMC Microbiol. 6, 23.

13. Szwarocka S.T.,  Stączek P.,  Parniewski P. 2007. Chromosomal model for analysis of a long CTG/CAG tract stability in wild-type Escherichia coli and its nucleotide excision repair mutants. Can. J. Microbiol.53, 860-868.

14. Dobrowolska A, Stączek P. 2009. Development of transformation system for  Trichophyton rubrum by electropotration of germinated conidia.Curr. Genet., 55, 537-542.

15. Leibner-Ciszak J., Dobrowolska A., Krawczyk B. Kaszuba A., and Stączek P. 2010. Evaluation of a PCR melting profile method for intraspecies differentiation of Trichophyton rubrum and Trichophyton interdigitale.   J. Med. Microbiol. 59, 185-192.

16. Siwek A.,  Stączek P., Wujec M., Stefańska J., Kosikowska U., Malm A., Bielawska A., Bielawski K., Jankowki S., Paneth P. 2010. Biological and docking studies of topoisomerase IV inhibition by thiosemicarbazides. Journal of Molecular Modeling 17: 2297-2303

17. Siwek A, Stączek P, Stefańska J. 2011. Synthesis and structure-activity relationship studies of 4-arylthiosemicarbazides as topoisomerase IV inhibitors with Gram-positive antibacterial activity. Search for molecular basis of antibacterial activity of thiosemicarbazides. Eur J Med Chem., 46, 5717-5126.

18. Siwek A.,  Stączek P., Kosikowska U., Malm A., Paneth P., Jankowki S. 2012. Does dehydrocyclization of 4-benzoylthiosemicarbazides in acetic acid lead to s-triazoles or thiadiazoles? Structural Chemistry, 23, 1441–1448.

19. Pieczonka A.M., Strzelczyk A., Sadowska B., Mlostoń G. Stączek P., 2013. Synthesis and evaluation of antimicrobial activity of 3-oxido-1H-imidazole-4-carbohydrazides hydrazones.  Eur. J. Med. Chem. 64, 389-395.

20. Siwek A., Plech T., Stefańska J., Stączek P, Strzelczyk A., 2013. Molecular Properties Prediction, Docking Studies, and Antimicrobial Screening of 1,3,4-Thiadiazole and S-Triazole Derivatives. Current Computer-Aided Drug Design, Oct. 19, E-Pub ahead of Print, ISSN: 1573-4099

21. Siwek A., Stączek P., Paneth P., Stefańska J. Nowa pochodna 1,4-dipodstawionego tiosemikarbazydu oraz sposób jej wytwarzania. Zgłoszenie Patentowe P-390774. Biuletyn Urzędu Patentowego Nr 20(985), s. 16, 2011. (2012, Patent RP Nr 212639)

22.Sajduda A., Martin A., Portaels F., and Palomino J. C. 2012. hsp65 PCR-restriction analysis (PRA) with capillary electrophoresis for species identification and differentiation of Mycobacterium kansasii and M. chelonae-M. abscessus group. Int. J. Infect. Dis. 16 3, e193-e197

23. Sajduda A., Martin A., Portaels F. and Palomino J. C. 2012. hsp65 PCR-restriction analysis (PRA) with capillary electrophoresis in comparison to three other methods for identification of Mycobacterium species. J. Microbiol. Methods 80, 190-197.

 

Monografie

1. Parniewski P., Stączek P., 2002. Molecular  mechanisms of TRS instability. (w):    “Triplet Repeats Diseases of the NervousSystem”. Ed. L.Timchenko, Landes  Biosciences (Eurekah.com), USA,  s. 1-21, ISBN 1-58706-055-8 

2. Różalski A. Stączek P. 2010. Proteus. (w) Molecular detection of human pathogens. Ed. D. Liu, Taylor and Francis Group, LLC, p.981-996., ISBN 

 

Tematyka prac dyplomowych

 Przykładowe tematy prac licencjackich

  • Zastosowanie bakteriofagów w biologii molekularnej, medycynie i inżynierii genetycznej
  • Zjawisko Quorum Sensing u bakterii
  • Plazmidy bakteryjne jako wektory dla transferu obcego DNA
  • Nowe leki przeciwbakteryjne
  • Integrony i superintegrony

Przykładowe tematy prac magisterskich

  • Poszukiwanie czynników warunkujących tworzenie barier dla dyfuzji superskręcenia w chromosomie Salmonella Typhimurium
  • Badanie aktywności antybakteryjnej pochodnych tiosemikarbazydów – potencjalnych inhibitorów topoizomeraz typu IIA
  • Genotypowanie kolekcji szczepów prątków gruźlicy
  • Transformacja wybranych szczepów dermatofitów za pomocą metody ATMT
  • Genotypowanie keratynolitycznych grzybów środowiskowych z rodzaju Chryzosporum

W ramach współpracy dydaktycznej z University of Virginia i University of Chicago najlepsi studenci mają możliwość wykonywania części doświadczalnej pracy magisterskiej w USA

  • The role of fascin and myosin X in filopodial function
  • Biochemistry of bacterial cellulose synthesis
  • An investigation of an evolutionarily conserved pathway for tail-anchored protein insertion

Przydatne linki

Galeria zdjęć

Materiały dla studentów