p w ś c p s n
 
 
 
 
 
1
 
2
 
3
 
4
 
5
 
6
 
7
 
8
 
9
 
10
 
11
 
12
 
13
 
14
 
15
 
16
 
17
 
18
 
19
 
20
 
21
 
22
 
23
 
24
 
25
 
26
 
27
 
28
 
29
 
30
 
31
 
 
 
 
 
 
 

KATEDRA BIOCHEMII OGÓLNEJ

KATEDRA BIOCHEMII OGÓLNEJ                                                     ENGLISH                  

Kierownik Katedry: dr hab. Paweł Nowak, prof. nadzw.

Adres:Gmach Biologii Molekularnej (Budynek D)

ul. Pomorska 141/143

90-236 Łódź

 

Tel: +48 42 635 44 82

Fax: +48 42 635 44 84

e-mail:

Adres/link biol.uni.lodz.pl/biochogl

 

Pracownicy:

Imię i nazwisko

Telefon

e-mail

Budynek/pokój

Konsultacje

dr hab. Paweł Nowak, prof. nadzw.

(Kierownik Katedry)

+48426354485

pawel.nowak(at)biol.uni.lodz.pl

D / Bch33

cz. 11:0012:30

dr hab. Beata Olas, prof. nadzw.

+48426655808
!wewnętrzny: 95808

beata.olas(at)biol.uni.lodz.pl

D / Bch52

pn. 11:0012:00

dr hab. Joanna Saluk-Bijak, prof. nadzw.

+48426354336

saluk(at)biol.uni.lodz.pl

D / Bch32

śr. 11:0012:30

dr hab. Małgorzata Żbikowska, prof. nadzw.

+48426354483

zbikow(at)biol.uni.lodz.pl

D / Bch30

śr. 12:1513:45

dr hab. Michał Ponczek, adiunkt

+48426354483

 

michal.ponczek(at)biol.uni.lodz.pl

D / Bch31

śr. 10:0011:30

dr hab. Michał Bijak
adiunkt

+48426354336

michal.bijak(at)biol.uni.lodz.pl

D / Bch32

pn. 12:30-14:00

dr hab Joanna Kołodziejczyk-Czepas, adiunkt

+48426354483

 

joanna.kolodziejczyk(at)biol.uni.lodz.pl

D / Bch31

pt. 12:0013:30

dr Bogdan Kontek, adiunkt

+48426655808

bogdan.kontek(at)biol.uni.lodz.pl

D / Bch52

pn. 12:00–13:30

mgr Joanna Boisse

 

 

D / Bch42

 

 

Doktoranci:

Imię i nazwisko

Telefon

e-mail

Konsultacje

   

pokój D / Bch50:

 

mgr Weronika Adach

 426354482 weronika.adach(at)biol.uni.lodz.pl pn. 10:30-12:00
       

mgr Kamila Czubak

 426354482

kamila.czubak(at)biol.uni.odz.pl

cz. 10:00-11:30

mgr Angela Dziedzic

 426354482

 angela.dziedzic(at)unilodz.eu

 pn. 12:00-13:30

mgr Bernadetta Lis

 426354482 bernadetta.lis(at)biol.uni.lodz.pl wt. 10:00-11:30

 

 

 

 

mgr Agata Rolnik

426354482

agata.rolnik(at)unilodz.eu  wt. 10:10-11:30

mgr Bartosz Skalski

426354482 bartosz.skalski(at)biol.uni.lodz.pl wt. 10:00-11:30

mgr Rafał Szelenberger

426354482  rafal.szelenberger(at)unilodz.eu pn. 12:00-13:30

mgr Małgorzata Tomczyńska

426354482

malgorzata.tomczynska(at)biol.uni.lodz.pl

 

mgr Edyta Janik

426354482

 

 

Katedra Biochemii Ogólnej istnieje od 1992 roku, kiedy wyodrębniła się z Katedry Biochemii.

Tematyka badań: 

  • Krzepnięcie krwi i fibrynoliza, aktywacja płytek krwi, znaczenie reaktywnych form tlenu i azotu w aktywacji płytek krwi, mechanizm działania nadtlenoazotynu, homocysteiny i siarkowodoru na układ hemostazy

  • Działanie wybranych aktywatorów i inhibitorów hemostazy na metabolizm i funkcje hemostatyczne płytek krwi i białek hemostazy

  • Mechanizmy modyfikacji białek krzepnięcia krwi wywoływanych przez reaktywne formy azotu i tlenu

  • Ochronna rola antyoksydantów przed działaniem reaktywnych form tlenu i azotu na układ hemostazy

  • Biomarkery stresu oksydacyjnego w procesie hemostazy w wybranych stanach patologicznych oraz znaczenie różnych antyoksydantów

  • Ocena markerów stresu oksydacyjnego i równowagi pro- i antykoagulacyjnej w wybranych stanach patologicznych

  • Proteomika płytek krwi w stanach prawidłowych i w stanach patologicznych

  • Ewolucja molekularna białek hemostazy, analiza bioinformatyczna sekwencji aminokwasowych oraz domen białek hemostazy, w oparciu o przeszukiwanie zsekwencjonowanych genomów kręgowców

  • Modelowanie homologiczne i dynamika molekularna białek hemostazy

  • Dokowanie małocząsteczkowych ligandów w poszukiwaniu modulatorów białek hemostazy

  • Możliwości wykorzystania promieniowania jonizującego do inaktywacji patogenów w białkach osocza krwi

  • Otrzymywanie preparatów krwiopochodnych przeznaczonych do transfuzji (erytrocyty, płytki krwi) i do produkcji bioterapeutyków (białka osocza) z zastosowaniem promieniowania jonizującego; radioochronna rola antyoksydantów

  • Poznanie nowych naturalnych i syntetycznych antyoksydantów oraz mechanizmów ich ochronnego działania w stresie oksydacyjnym

  • Badanie wybranych ekstraktow roslinnych jako potencjalnych antykoagulantów, antyoksydantów i związków antypłytkowych; możliwości ich zastosowania w profilaktyce i leczeniu chorób cywilizacyjnych

  • Interakcje płytek krwi z lipopolisacharydami


Realizowane
projekty:

Development of CBRN training programme for police officers - projekt w ramach programu Unii Europejskiej, ERASMUS+ KA2 PARTNERSTWA STRATEGICZNE (lata realizacji 2016-2019)

Potencjał prozdrowotny owoców jarzębu pospolitego (Sorbus aucuparia L.) - badania in vitro NCN (lata realizacji 2018-2020)

Standaryzacja i aktywność biologiczna kwiatów śliwy tarniny (Prunus spinosa L.) w kontekście chorób układu krążenia NCN (lata realizacji (2018-2020)

Molekularne mechanizmy wzmożonej aktywności prozakrzepowej płytek krwi w stwardnieniu rozsianym - projekt finansowany przez NCN (lata realizacji 2017-2020)

Metabolity wtórne owoców, liści oraz gałązek rokitnika zwyczajnego (Hippophae rhamnoides L.) jako naturalne substancje bioaktywne - projekt finansowany przez NCN (lata realizacji 2016-2019)

Fenolowe frakcje z różnych organów mniszka pospolitego (Taraxacum officinale) jako potencjalne modulatory hemostazy - projekt finansowany przez NCN (lata realizacji 2018-2020)

Określenie strukturalnych i funkcjonalnych zmian w cytoszkielecie płytek krwi jako potencjalnych czynników wzmożonej aktywności prozakrzepowej występującej w stwardnieniu rozsianym - projekt finansowany przez NCN (lata realizacji 2018-2021)

Zakończone projekty:

Support for European Union action in the field of CBRN security managers educations - projekt w ramach programu Unii Europejskiej, Internal Security Fund Police (lata realizacji 2016-2018)

Biochemiczne podstawy działania roślin leczniczych - wstępna ocena właściwości przeciwzapalnych i przeciwutleniających ekstraktów z połonicznika (Herniaria L.) konkurs MINIATURA 1 (NCN; lata realizacji 2017-2018)

Ocena wpływu flawonolignanów na aktywację szlaku receptora P2Y12 w płytkach krwi konkurs MINIATURA 1 (NCN; lata realizacji 2017-2018)

Identyfikacja sekwencji nukleotydowych aktywujących czynniki kontaktu w osoczu krwi człowieka za pomocą sekwencjonowania następnej generacji (NGS) - znaczenie dla patogenezy powikłań zakrzepowo-zatorowych” konkurs MINIATURA 1 (NCN; lata realizacji 2017-2018)


Metabolity wtórne części nadziemnych Pulmonaria officinalis L. i ich aktywność biologiczna - projekt finansowany przez NCN ( lata realizacji 2014-2017)

Substancje swoiste korzeni Kalanchoe daigremontiana i ich aktywność biologiczna - projekt finansowany przez NCN (lata realizacji 2013-2015)

WROVASC - Zintegrowane Centrum Medycyny Sercowo-Naczyniowej - projekt współfinansowany przez UE w ramach Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka na lata 2007-2013. Priorytet 1. Badania i rozwój nowych technologii. Działanie 1.1. Wsparcie badań naukowych dla gospodarki opartej na wiedzy. Poddziałanie 1.1.2. Strategiczne programy badań naukowych i rozwoju. Zadanie 17. Antykoagulanty pochodzenia roślinnego w celu stosowania w zapobieganiu i leczeniu zakrzepic

Współprace naukowe:

  • Politechnika Wrocławska; Wydział Chemiczny; Zakład Chemii Medycznej i Mikrobiologii

  • Politechnika Łódzka; Wydział Chemiczny; Międzyresortowy Instytut Techniki Radiacyjnej 
  • Państwowy Instytut Badawczy w Puławach, Instytut Uprawy Nawożenia i Gleboznawstwa (IUNG), Zakład Biochemii i Jakości Plonów (Instytut Uprawy Nawożenia i Gleboznawstwa (IUNG)

  • Klinika Chirurgii Onkologicznej, Katedra Onkologii, Uniwersytet Medyczny w Łodzi (Wojewódzki Specjalistyczny Szpital im. M. Kopernika w Łodzi)

  • Zakład Farmakognozji, Katedra Farmakognozji Uniwersytetu Medycznego w Łodzi

  • Zakład Chemii Surowców Kosmetycznych, Katedra Kosmetologii Uniwersytetu Medycznego w Łodzi

 

Usługi/Ekspertyzy:

  • Preparatyka białek osocza: izolowanie fibrynogenu, plazminogenu, ceruloplazminy

  • Oznaczanie markerów aktywacji płytek (Tromboksan B2, ekspresja selektyny P, fosfatydyloseryny, aktywnej formy receptora dla fibrynogenu).

  • Monitorowanie leczenia przeciwpłytkowego (pomiar agregacji, adhezji i sekrecji płytek).

  • Oznaczanie markerów stresu oksydacyjnego: peroksydacji lipidów (TBARS, izoprostany), utleniania i nitrowania białek (nadtlenki, grupy karboksylowe, 3-nitrotyrozyna), grupy tioliowe.

  • Kinetyka polimeryzacji i lizy włóknika w osoczu i w preparatach fibrynogenu.

  • Oznaczanie poziomu i aktywność czynników/inhibitorów krzepnięcia i fibrynolizy w osoczu (fibrynogen, cz.XIII, plazminogen, cz.X, PAI-1, TAFI)

  • Pomiary koagulologiczne: czas protrombinowy (PT), czas kaolinowo-kefalinowy (APTT) czas trombinowy, fibrynogen

  • Analizy bioinformatyczne białek (wyszukiwanie i przyrównywanie sekwencji aminokwasowych, badania filogenetyczne w oparciu o sekwencje aminokwasowe, dokowanie ligandów, modelowanie homologiczne białek i dynamika molekularna białek)

Tematyka prac dyplomowych:

Wpływ czynników fizycznych (promieniowanie jonizujące) i chemicznych (nadtlenoazotyn, nadtlenek wodoru, homocysteina, siarkowodór, przeciwutleniacze roślinne) na stan hemostazy (definiowany jako równowaga pomiędzy procesami prozakrzepowymi a procesami przeciwzakrzepowymi) i równowagę oksydacyjno/nitracyjną we krwi (przeciwutleniacze, reaktywne formy tlenu i azotu, stres oksydacyjny), osoczu i płytkach krwi. Bioinformatyczne i filogenetyczne powiązania białek uczestniczących w hemostazie.

Wyposażenie techniczne laboratoriów:

Wyposażenie techniczne laboratoriów:

− cytometr przepływowy CyFlow Cube 6 (Sysmex-Partec)

− system Real-Time cFX96 (BIO-RAD)

− automatyczny czytnik komórek TC20 (BIO-RAD)

− spektrofotometryczny czytnik mikropłytek SPECTROstar Nano (BMG Labtech)

− filtrowy czytnik kolorometryczny mikropłytek iMarktm (Bio-Rad)

− filtrowy fluorometryczny czytnik mikropłytek Fluoroscantm (Termoscientific)

− Qbit 3 fluorymetr (Invitrogen)

− spektrofotometr UV-Vis Helios α (Unicam)

− fotometr SEMCO S/Ef (Emco)

− agregometr dwukanałowy Chronolog490 (Chronolog)

− koagulometr K-3002 Optic  (Kselmed)

− 2 cieplarki EN400 (Nüve, POL-EKO Aparatura)

− lodówki i zamrażalki (15) w tym na -80°C (Froilabo)

− wirówki:

•       Sigma 3430 26323 RCF (Sigma)

•       (2) MPW 352R (MPW)

•       MPW 370 4500 RPM (MPW)

•       MPW 260R (MPW)

•       Biofuge fresco 13000 RPM (Heraeus)

•       Mikro 120 14000 RPM (Hettich)

− wagi:

•       AS 60/220 R2 min 1 mg d-0,01/0,1 mg (Radwag)

•       PS 200/200 R2 min 0,02 g d=0,001 g (Radwag)

− 3 komory laminarne (I kl. (Termo Scientific), II kl. (Polon), UVT-S AR DNA/RNA cleaner box (Biosan)

− Inkubator CO2 EC160 do hodowli komórek (Nüve)

− 2 przenośœnie lampy UV (Emita VP-60)

− wytrząsarki i kołyski

− aparaty do elektroforezy i elektrotransferu:

•       Mini-protean (Bio-Rad)

•       Mini-protean Tetra Cell (Bio-Rad)

•       PROTEAN i12tm IEF SystemF Cell (BIO-RAD)

•       Omni PAGE CVS10CBS (Cleaver)

Stosowane techniki laboratoryjne:

− Cytometria przepływowa

− Elektroforeza, w tym 2D i western blot (immunoblot)

− ELISA i oznaczenie parametrów kinetycznych substratów chromogenicznych na mikropłytkach

− Agregometria, koagulometria, pomiary plimeryzacji i lizy włóknika

− Spektrofotometria

Możliwe formy współpracy z przedsiębiorstwami i jednostkami naukowymi w zakresie:

− przeprowadzenia analiz w ramach stosowanych technik badawczych, w szczególności wykonania analiz, opracowań metod i ekspertyz oraz doradztwa w ramach: oznaczania markerów aktywacji płytek (tromboksanu B2, ekspresji selektyny P, fosfatydyloseryny, aktywnej formy receptora dla fibrynogenu), monitorowania leczenia przeciwpłytkowego (pomiary agregacji, adhezji i sekrecji płytek), oznaczania markerów stresu oksydacyjnego (utleniania i nitrowania białek: nadtlenki, grupy karboksylowe, 3-nitrotyrozyna, poziom wolnych grup tiolowych, peroksydacji lipidów: TBARS, izoprostany), oznaczania kinetyki reakcji enzymatycznych (pomiary chromogenne aktywności enzymów, pomiary polimeryzacji i lizy włóknika w osoczu i preparatach fibrynogenu), oznaczania poziomu i aktywności czynników/inhibitorów krzepnięcia i fibrynolizy w osoczu (fibrynogenu, trombiny, czynników X, XI, XIII, plazminogenu, PAI-1, TAFI), detekcji czynników krzepnięcia (immunoprecypitacja, SDS-PAGE, immunoblotting), izolowania białek osocza (fibrynogenu, plazminogenu, albumin, globulin), analizy bioinformatycznej białek (wyszukiwania i analizy sekwencji aminokwasowych, modelowania molekularnego makrocząsteczek, modelowania homologicznego białek, dokowania ligandów in silico).

Stosowane techniki laboratoryjne:

− Agregometria i koagulometria,

− Cytometria przepływowa,

− Elektroforeza i western blot (immunoblot),

− ELISA,

− RT-PCR,

− Spektrofotometria.

Możliwe formy współpracy z przedsiębiorstwami w zakresie usług:

− gotowość przeprowadzenia analiz w ramach stosowanych technik badawczych, w szczególności wykonania analiz, opracowań metod i ekspertyz oraz doradztwo w zakresie: oznaczania markerów aktywacji płytek (tromboksan B2, ekspresja selektyny P, fosfatydyloseryny, aktywnej formy receptora dla fibrynogenu), monitorowania leczenia przeciwpłytkowego (pomiar agregacji, adhezji i sekrecji płytek), oznaczania markerów stresu oksydacyjnego (utleniania i nitrowania białek: nadtlenki, grupy karboksylowe, 3-nitrotyrozyna, poziom wolnych grup tiolowych, peroksydacji lipidów: TBARS, izoprostany), oznaczania kinetyki reakcji enzymatycznych (pomiary chromogenne aktywności enzymów, pomiary polimeryzacji i lizy włóknika w osoczu i preparatach fibrynogenu), oznaczania poziomu i aktywności czynników/inhibitorów krzepnięcia i fibrynolizy w osoczu (fibrynogen, trombina, czynniki X, XI, XIII, plazminogen, PAI-1, TAFI), detekcji czynników krzepnięcia (immunoprecypitacja, immunoblotting), izolowania białek osocza (fibrynogenu, plazminogenu, albumin, globulin), analizy bioinformatycznej białek (wyszukiwanie i analiza sekwencji aminokwasowych, modelowanie molekularne makrocząsteczek, modelowanie homologiczne białek, dokowanie ligandów in silico).

Materiały dla studentów:

web.biol.uni.lodz.pl/~biochogl/index.php?strona=4

Computers in molecular biology and biotechnology

Przydatne linki:

ZAPRASZAMY NA FACEBOOKOWE STRONY:

Wydział BiOŚ
Katedra Biochemii Ogólnej
Computers in Molecular Biology and Biotechnology - sequence analysis, simulations, docking and macromolecular dynamics
Bioinformatyka w Łodzi

Oraz inne strony jak:

Nasze wybrane publikacje:

    1. Design, synthesis, X-ray structures of the new coumarin derivatives and perspectives of binding them to albumin and vitamin K epoxide reductase complex subunit 1.Kasperkiewicz K, Malecka M, Ponczek MB, Nowak P, Budzisz E. CRYSTAL GROWTH & DESIGN. (2016)  16: 456-466
    2. Peroxynitrite and fibrinolytic system - the effects of peroxynitrite on t-PA-induced plasmin activity. Kolodziejczyk-Czepas J, Ponczek MB, Nowak P. INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES. (2015)  81: 212-219
    3. Polyphenol compounds belonging to flavonoids inhibit activity of coagulation factor X. Bijak M, Ponczek MB, Nowak P. INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES. (2014) 65:  129-135
    4. Protective effects of grape seed extract against oxidative and nitrative damage of plasma proteins. Bijak, Michal; Kolodziejczyk-Czepas, Joanna; Ponczek, Michal Blazej; et al. (2012) INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES  51: 183-187
    5. Irradiation dose-dependent oxidative changes in red blood cells for transfusion. Zbikowska, Halina Malgorzata; Antosik, Adam (2012) INTERNATIONAL JOURNAL OF RADIATION BIOLOGY  88: 654-660
    6. Protective effects of (-)-epicatechin against nitrative modifications of fibrinogen. Bijak, Michal; Nowak, Pawel; Borowiecka, Marta; et al. (2012) THROMBOSIS RESEARCH  130: 123-128
    7. Aronia melanocarpa extract suppresses the biotoxicity of homocysteine and its metabolite on the hemostatic activity of fibrinogen and plasma. Malinowska, Joanna; Babicz, Karolina; Olas, Beata; et al. (2012) NUTRITION  28: 793-7
    8. Evolution of Thrombin and Other Hemostatic Proteases by Survey of Protochordate, Hemichordate, and Echinoderm Genomes. Ponczek, Michal B.; Bijak, Michal Z.; Nowak, Pawel Z. (2012) JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION  74: 319-331
    9. Effect of short-term cryostimulation on antioxidative status and its clinical applications in humans. Miller, Elzbieta; Markiewicz, Lukasz; Saluk, Joanna; et al. (2012) EUROPEAN JOURNAL OF APPLIED PHYSIOLOGY  112: 1645-1652
    10. The Oxidative Stress May be Induced by the Elevated Homocysteine in Schizophrenic Patients. Dietrich-Muszalska, Anna; Malinowska, Joanna; Olas, Beata; et al. (2012) NEUROCHEMICAL RESEARCH  37: 1057-1062
    11. Homocysteine and its thiolactone impair plasmin activity induced by urokinase or streptokinase in vitro. Kolodziejczyk-Czepas, Joanna; Talar, Beata; Nowak, Pawel; et al. (2012) INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES  50: 754-758
    12. Epicatechin Inhibits Human Plasma Lipid Peroxidation Caused by Haloperidol In Vitro. Dietrich-Muszalska, Anna; Kontek, Bogdan; Olas, Beata; et al. (2012) NEUROCHEMICAL RESEARCH  37: 557-562
    13. Role of reactive nitrogen species in blood platelet functions. Olas, Beata; Wachowicz, Barbara (2007) PLATELETS  18: 555-565 
    14. Comparative anti-platelet and antioxidant properties of polyphenol-rich extracts from: berries of Aronia melanocarpa, seeds of grape and bark of Yucca schidigera in vitro. Olas, Beata; Wachowicz, Barbara; Tomczak, Anna; et al. (2008) PLATELETS  19: 70-77 
    15. Oxidative/Nitrative Modifications of Plasma Proteins and Thiols from Patients with Schizophrenia. Dietrich-Muszalska, Anna; Olas, Beata; Glowacki, Rafal; et al. (2009) NEUROPSYCHOBIOLOGY  59: 1-7 
    16. Isoprostenes as indicators of oxidative stress in schizophrenia. Dietrich-Muszalska, Anna; Olas, Beata (2009) WORLD JOURNAL OF BIOLOGICAL PSYCHIATRY  10: 27-33 
    17. Different vulnerability of fibrinogen subunits to oxidative/nitrative modifications induced by peroxynitrite: Functional consequences. Nowak, Pawel; Zbikowska, Halina M.; Ponczek, Michal; et al. (2007) THROMBOSIS RESEARCH  121: 163-174 
    18. Evolution of the contact phase of vertebrate blood coagulation. Ponczek, M. B.; Gailani, D.; Doolittle, R. F. (2008) JOURNAL OF THROMBOSIS AND HAEMOSTASIS  6: 1876-1883