KATEDRA BIOCHEMII OGÓLNEJ ENGLISH
Kierownik Katedry: dr hab. Paweł Nowak, prof. nadzw.
Adres:Gmach Biologii Molekularnej (Budynek D)
ul. Pomorska 141/143
90-236 Łódź
Tel: +48 42 635 44 82
Fax: +48 42 635 44 84
e-mail:
Adres/link biol.uni.lodz.pl/biochogl
Pracownicy:
Imię i nazwisko |
Telefon |
|
Budynek/pokój |
Konsultacje |
dr hab. Paweł Nowak, prof. nadzw. (Kierownik Katedry) |
+48426354485 |
pawel.nowak(at)biol.uni.lodz.pl |
D / Bch33 |
cz. 11:00–12:30 |
dr hab. Beata Olas, prof. nadzw. |
+48426655808 |
beata.olas(at)biol.uni.lodz.pl |
D / Bch52 |
pn. 12:00–13:00 |
dr hab. Joanna Saluk-Bijak, prof. nadzw. |
+48426354336 |
saluk(at)biol.uni.lodz.pl |
D / Bch32 |
śr. 11:00–12:30 |
dr hab. Małgorzata Żbikowska, prof. nadzw. |
+48426354483 |
zbikow(at)biol.uni.lodz.pl |
D / Bch30 |
śr. 12:15–13:45 |
dr hab. Michał Ponczek, adiunkt |
+48426354483
|
michal.ponczek(at)biol.uni.lodz.pl |
D / Bch31 |
śr. 10:30–12:00 |
dr hab. Michał Bijak |
+48426354336 |
michal.bijak(at)biol.uni.lodz.pl |
D / Bch32 |
pn. 12:30-14:00 |
dr hab Joanna Kołodziejczyk-Czepas, adiunkt |
+48426354483
|
joanna.kolodziejczyk(at)biol.uni.lodz.pl |
D / Bch31 |
pt. 12:00–13:30 |
dr Bogdan Kontek, adiunkt |
+48426655808 |
bogdan.kontek(at)biol.uni.lodz.pl |
D / Bch52 |
pn. 12:00–13:30 |
mgr Joanna Boisse |
|
|
D / Bch42 |
|
Doktoranci:
Imię i nazwisko |
Telefon |
|
Konsultacje |
pokój D / Bch50: |
|||
mgr Weronika Adach |
426354482 | weronika.adach(at)biol.uni.lodz.pl | pn. 10:30-12:00 |
mgr Kamila Czubak |
426354482 |
kamila.czubak(at)biol.uni.odz.pl |
czw. 10:00-11:30 |
mgr Angela Dziedzic |
426354482 |
angela.dziedzic(at)unilodz.eu |
pn. 12:00-13:30 |
mgr Bernadetta Lis |
426354482 | bernadetta.lis(at)biol.uni.lodz.pl | wt. 10:00-11:30 |
|
|
|
|
mgr Agata Rolnik |
426354482 |
agata.rolnik(at)unilodz.eu | wt. 10:00-11:30 |
mgr Bartosz Skalski |
426354482 | bartosz.skalski(at)biol.uni.lodz.pl | wt. 10:00-11:30 |
mgr Rafał Szelenberger |
426354482 | rafal.szelenberger(at)unilodz.eu | pn. 12:00-13:30 |
mgr Małgorzata Tomczyńska |
426354482 |
malgorzata.tomczynska(at)biol.uni.lodz.pl |
|
mgr Edyta Janik |
426354482 |
|
wt. 9:00-10:30 |
Katedra Biochemii Ogólnej istnieje od 1992 roku, kiedy wyodrębniła się z Katedry Biochemii.
Tematyka badań:
-
Krzepnięcie krwi i fibrynoliza, aktywacja płytek krwi, znaczenie reaktywnych form tlenu i azotu w aktywacji płytek krwi, mechanizm działania nadtlenoazotynu, homocysteiny i siarkowodoru na układ hemostazy
-
Działanie wybranych aktywatorów i inhibitorów hemostazy na metabolizm i funkcje hemostatyczne płytek krwi i białek hemostazy
-
Mechanizmy modyfikacji białek krzepnięcia krwi wywoływanych przez reaktywne formy azotu i tlenu
-
Ochronna rola antyoksydantów przed działaniem reaktywnych form tlenu i azotu na układ hemostazy
-
Biomarkery stresu oksydacyjnego w procesie hemostazy w wybranych stanach patologicznych oraz znaczenie różnych antyoksydantów
-
Ocena markerów stresu oksydacyjnego i równowagi pro- i antykoagulacyjnej w wybranych stanach patologicznych
-
Proteomika płytek krwi w stanach prawidłowych i w stanach patologicznych
-
Ewolucja molekularna białek hemostazy, analiza bioinformatyczna sekwencji aminokwasowych oraz domen białek hemostazy, w oparciu o przeszukiwanie zsekwencjonowanych genomów kręgowców
-
Modelowanie homologiczne i dynamika molekularna białek hemostazy
-
Dokowanie małocząsteczkowych ligandów w poszukiwaniu modulatorów białek hemostazy
-
Możliwości wykorzystania promieniowania jonizującego do inaktywacji patogenów w białkach osocza krwi
-
Otrzymywanie preparatów krwiopochodnych przeznaczonych do transfuzji (erytrocyty, płytki krwi) i do produkcji bioterapeutyków (białka osocza) z zastosowaniem promieniowania jonizującego; radioochronna rola antyoksydantów
-
Poznanie nowych naturalnych i syntetycznych antyoksydantów oraz mechanizmów ich ochronnego działania w stresie oksydacyjnym
-
Badanie wybranych ekstraktow roslinnych jako potencjalnych antykoagulantów, antyoksydantów i związków antypłytkowych; możliwości ich zastosowania w profilaktyce i leczeniu chorób cywilizacyjnych
- Interakcje płytek krwi z lipopolisacharydami
Realizowane projekty:
Development of CBRN training programme for police officers - projekt w ramach programu Unii Europejskiej, ERASMUS+ KA2 PARTNERSTWA STRATEGICZNE (lata realizacji 2016-2019)
Potencjał prozdrowotny owoców jarzębu pospolitego (Sorbus aucuparia L.) - badania in vitro NCN (lata realizacji 2018-2020)
Standaryzacja i aktywność biologiczna kwiatów śliwy tarniny (Prunus spinosa L.) w kontekście chorób układu krążenia NCN (lata realizacji (2018-2020)
Molekularne mechanizmy wzmożonej aktywności prozakrzepowej płytek krwi w stwardnieniu rozsianym - projekt finansowany przez NCN (lata realizacji 2017-2020)
Metabolity wtórne owoców, liści oraz gałązek rokitnika zwyczajnego (Hippophae rhamnoides L.) jako naturalne substancje bioaktywne - projekt finansowany przez NCN (lata realizacji 2016-2019)
Fenolowe frakcje z różnych organów mniszka pospolitego (Taraxacum officinale) jako potencjalne modulatory hemostazy - projekt finansowany przez NCN (lata realizacji 2018-2020)
Określenie strukturalnych i funkcjonalnych zmian w cytoszkielecie płytek krwi jako potencjalnych czynników wzmożonej aktywności prozakrzepowej występującej w stwardnieniu rozsianym - projekt finansowany przez NCN (lata realizacji 2018-2021)
Zakończone projekty:
Support for European Union action in the field of CBRN security managers educations - projekt w ramach programu Unii Europejskiej, Internal Security Fund Police (lata realizacji 2016-2018)
Biochemiczne podstawy działania roślin leczniczych - wstępna ocena właściwości przeciwzapalnych i przeciwutleniających ekstraktów z połonicznika (Herniaria L.) konkurs MINIATURA 1 (NCN; lata realizacji 2017-2018)
Ocena wpływu flawonolignanów na aktywację szlaku receptora P2Y12 w płytkach krwi konkurs MINIATURA 1 (NCN; lata realizacji 2017-2018)
Identyfikacja sekwencji nukleotydowych aktywujących czynniki kontaktu w osoczu krwi człowieka za pomocą sekwencjonowania następnej generacji (NGS) - znaczenie dla patogenezy powikłań zakrzepowo-zatorowych” konkurs MINIATURA 1 (NCN; lata realizacji 2017-2018)
Metabolity wtórne części nadziemnych Pulmonaria officinalis L. i ich aktywność biologiczna - projekt finansowany przez NCN ( lata realizacji 2014-2017)
Substancje swoiste korzeni Kalanchoe daigremontiana i ich aktywność biologiczna - projekt finansowany przez NCN (lata realizacji 2013-2015)
WROVASC - Zintegrowane Centrum Medycyny Sercowo-Naczyniowej - projekt współfinansowany przez UE w ramach Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka na lata 2007-2013. Priorytet 1. Badania i rozwój nowych technologii. Działanie 1.1. Wsparcie badań naukowych dla gospodarki opartej na wiedzy. Poddziałanie 1.1.2. Strategiczne programy badań naukowych i rozwoju. Zadanie 17. Antykoagulanty pochodzenia roślinnego w celu stosowania w zapobieganiu i leczeniu zakrzepic
Współprace naukowe:
-
Politechnika Wrocławska; Wydział Chemiczny; Zakład Chemii Medycznej i Mikrobiologii
- Politechnika Łódzka; Wydział Chemiczny; Międzyresortowy Instytut Techniki Radiacyjnej
-
Państwowy Instytut Badawczy w Puławach, Instytut Uprawy Nawożenia i Gleboznawstwa (IUNG), Zakład Biochemii i Jakości Plonów (Instytut Uprawy Nawożenia i Gleboznawstwa (IUNG)
- Klinika Chirurgii Onkologicznej, Katedra Onkologii, Uniwersytet Medyczny w Łodzi (Wojewódzki Specjalistyczny Szpital im. M. Kopernika w Łodzi)
- Zakład Farmakognozji, Katedra Farmakognozji Uniwersytetu Medycznego w Łodzi
- Zakład Chemii Surowców Kosmetycznych, Katedra Kosmetologii Uniwersytetu Medycznego w Łodzi
Usługi/Ekspertyzy:
-
Preparatyka białek osocza: izolowanie fibrynogenu, plazminogenu, ceruloplazminy
-
Oznaczanie markerów aktywacji płytek (Tromboksan B2, ekspresja selektyny P, fosfatydyloseryny, aktywnej formy receptora dla fibrynogenu).
-
Monitorowanie leczenia przeciwpłytkowego (pomiar agregacji, adhezji i sekrecji płytek).
-
Oznaczanie markerów stresu oksydacyjnego: peroksydacji lipidów (TBARS, izoprostany), utleniania i nitrowania białek (nadtlenki, grupy karboksylowe, 3-nitrotyrozyna), grupy tioliowe.
-
Kinetyka polimeryzacji i lizy włóknika w osoczu i w preparatach fibrynogenu.
-
Oznaczanie poziomu i aktywność czynników/inhibitorów krzepnięcia i fibrynolizy w osoczu (fibrynogen, cz.XIII, plazminogen, cz.X, PAI-1, TAFI)
-
Pomiary koagulologiczne: czas protrombinowy (PT), czas kaolinowo-kefalinowy (APTT) czas trombinowy, fibrynogen
-
Analizy bioinformatyczne białek (wyszukiwanie i przyrównywanie sekwencji aminokwasowych, badania filogenetyczne w oparciu o sekwencje aminokwasowe, dokowanie ligandów, modelowanie homologiczne białek i dynamika molekularna białek)
Tematyka prac dyplomowych:
Wpływ czynników fizycznych (promieniowanie jonizujące) i chemicznych (nadtlenoazotyn, nadtlenek wodoru, homocysteina, siarkowodór, przeciwutleniacze roślinne) na stan hemostazy (definiowany jako równowaga pomiędzy procesami prozakrzepowymi a procesami przeciwzakrzepowymi) i równowagę oksydacyjno/nitracyjną we krwi (przeciwutleniacze, reaktywne formy tlenu i azotu, stres oksydacyjny), osoczu i płytkach krwi. Bioinformatyczne i filogenetyczne powiązania białek uczestniczących w hemostazie.
Wyposażenie techniczne laboratoriów:
Wyposażenie techniczne laboratoriów:
− cytometr przepływowy CyFlow Cube 6 (Sysmex-Partec)
− system Real-Time cFX96 (BIO-RAD)
− automatyczny czytnik komórek TC20 (BIO-RAD)
− spektrofotometryczny czytnik mikropłytek SPECTROstar Nano (BMG Labtech)
− filtrowy czytnik kolorometryczny mikropłytek iMarktm (Bio-Rad)
− filtrowy fluorometryczny czytnik mikropłytek Fluoroscantm (Termoscientific)
− Qbit 3 fluorymetr (Invitrogen)
− spektrofotometr UV-Vis Helios α (Unicam)
− fotometr SEMCO S/Ef (Emco)
− agregometr dwukanałowy Chronolog490 (Chronolog)
− koagulometr K-3002 Optic (Kselmed)
− 2 cieplarki EN400 (Nüve, POL-EKO Aparatura)
− lodówki i zamrażalki (15) w tym na -80°C (Froilabo)
− wirówki:
Sigma 3430 26323 RCF (Sigma)
(2) MPW 352R (MPW)
MPW 370 4500 RPM (MPW)
MPW 260R (MPW)
Biofuge fresco 13000 RPM (Heraeus)
Mikro 120 14000 RPM (Hettich)
− wagi:
AS 60/220 R2 min 1 mg d-0,01/0,1 mg (Radwag)
PS 200/200 R2 min 0,02 g d=0,001 g (Radwag)
− 3 komory laminarne (I kl. (Termo Scientific), II kl. (Polon), UVT-S AR DNA/RNA cleaner box (Biosan)
− Inkubator CO2 EC160 do hodowli komórek (Nüve)
− 2 przenośnie lampy UV (Emita VP-60)
− wytrząsarki i kołyski
− aparaty do elektroforezy i elektrotransferu:
Mini-protean (Bio-Rad)
Mini-protean Tetra Cell (Bio-Rad)
PROTEAN i12tm IEF SystemF Cell (BIO-RAD)
Omni PAGE CVS10CBS (Cleaver)
Stosowane techniki laboratoryjne:
− Cytometria przepływowa
− Elektroforeza, w tym 2D i western blot (immunoblot)
− ELISA i oznaczenie parametrów kinetycznych substratów chromogenicznych na mikropłytkach
− Agregometria, koagulometria, pomiary plimeryzacji i lizy włóknika
− Spektrofotometria
Możliwe formy współpracy z przedsiębiorstwami i jednostkami naukowymi w zakresie:
− przeprowadzenia analiz w ramach stosowanych technik badawczych, w szczególności wykonania analiz, opracowań metod i ekspertyz oraz doradztwa w ramach: oznaczania markerów aktywacji płytek (tromboksanu B2, ekspresji selektyny P, fosfatydyloseryny, aktywnej formy receptora dla fibrynogenu), monitorowania leczenia przeciwpłytkowego (pomiary agregacji, adhezji i sekrecji płytek), oznaczania markerów stresu oksydacyjnego (utleniania i nitrowania białek: nadtlenki, grupy karboksylowe, 3-nitrotyrozyna, poziom wolnych grup tiolowych, peroksydacji lipidów: TBARS, izoprostany), oznaczania kinetyki reakcji enzymatycznych (pomiary chromogenne aktywności enzymów, pomiary polimeryzacji i lizy włóknika w osoczu i preparatach fibrynogenu), oznaczania poziomu i aktywności czynników/inhibitorów krzepnięcia i fibrynolizy w osoczu (fibrynogenu, trombiny, czynników X, XI, XIII, plazminogenu, PAI-1, TAFI), detekcji czynników krzepnięcia (immunoprecypitacja, SDS-PAGE, immunoblotting), izolowania białek osocza (fibrynogenu, plazminogenu, albumin, globulin), analizy bioinformatycznej białek (wyszukiwania i analizy sekwencji aminokwasowych, modelowania molekularnego makrocząsteczek, modelowania homologicznego białek, dokowania ligandów in silico).
Stosowane techniki laboratoryjne:
− Agregometria i koagulometria,
− Cytometria przepływowa,
− Elektroforeza i western blot (immunoblot),
− ELISA,
− RT-PCR,
− Spektrofotometria.
Możliwe formy współpracy z przedsiębiorstwami w zakresie usług:
− gotowość przeprowadzenia analiz w ramach stosowanych technik badawczych, w szczególności wykonania analiz, opracowań metod i ekspertyz oraz doradztwo w zakresie: oznaczania markerów aktywacji płytek (tromboksan B2, ekspresja selektyny P, fosfatydyloseryny, aktywnej formy receptora dla fibrynogenu), monitorowania leczenia przeciwpłytkowego (pomiar agregacji, adhezji i sekrecji płytek), oznaczania markerów stresu oksydacyjnego (utleniania i nitrowania białek: nadtlenki, grupy karboksylowe, 3-nitrotyrozyna, poziom wolnych grup tiolowych, peroksydacji lipidów: TBARS, izoprostany), oznaczania kinetyki reakcji enzymatycznych (pomiary chromogenne aktywności enzymów, pomiary polimeryzacji i lizy włóknika w osoczu i preparatach fibrynogenu), oznaczania poziomu i aktywności czynników/inhibitorów krzepnięcia i fibrynolizy w osoczu (fibrynogen, trombina, czynniki X, XI, XIII, plazminogen, PAI-1, TAFI), detekcji czynników krzepnięcia (immunoprecypitacja, immunoblotting), izolowania białek osocza (fibrynogenu, plazminogenu, albumin, globulin), analizy bioinformatycznej białek (wyszukiwanie i analiza sekwencji aminokwasowych, modelowanie molekularne makrocząsteczek, modelowanie homologiczne białek, dokowanie ligandów in silico).
Materiały dla studentów:
Karty charakterystyki substancji chemicznych używanych na ćwiczeniach laboratoryjnych
Computers in molecular biology and biotechnology
Przydatne linki:
ZAPRASZAMY NA FACEBOOKOWE STRONY:
Wydział BiOŚ
Katedra Biochemii Ogólnej
Computers in Molecular Biology and Biotechnology - sequence analysis, simulations, docking and macromolecular dynamics
Bioinformatyka w Łodzi
Oraz inne strony jak:
- PL GRID - ogólnopolska infrastruktura gridowa wspomagająca badania naukowe
- Studenckie Koło Biochemiczne
- EMBO - The European Molecular Biology Organization
- FNP - Fundacja na rzecz Nauki Polskiej
- Russel F. Doolittle Lab
- COMPLEXITY EXPLAINED by Vinod K. Wadhawan
- Panda's Thumb by Nicholas J. Matzke
- Pharyngula by Paul Z. Myers
Nasze wybrane publikacje:
- Design, synthesis, X-ray structures of the new coumarin derivatives and perspectives of binding them to albumin and vitamin K epoxide reductase complex subunit 1.Kasperkiewicz K, Malecka M, Ponczek MB, Nowak P, Budzisz E. CRYSTAL GROWTH & DESIGN. (2016) 16: 456-466
- Peroxynitrite and fibrinolytic system - the effects of peroxynitrite on t-PA-induced plasmin activity. Kolodziejczyk-Czepas J, Ponczek MB, Nowak P. INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES. (2015) 81: 212-219
- Polyphenol compounds belonging to flavonoids inhibit activity of coagulation factor X. Bijak M, Ponczek MB, Nowak P. INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES. (2014) 65: 129-135
- Protective effects of grape seed extract against oxidative and nitrative damage of plasma proteins. Bijak, Michal; Kolodziejczyk-Czepas, Joanna; Ponczek, Michal Blazej; et al. (2012) INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES 51: 183-187
- Irradiation dose-dependent oxidative changes in red blood cells for transfusion. Zbikowska, Halina Malgorzata; Antosik, Adam (2012) INTERNATIONAL JOURNAL OF RADIATION BIOLOGY 88: 654-660
- Protective effects of (-)-epicatechin against nitrative modifications of fibrinogen. Bijak, Michal; Nowak, Pawel; Borowiecka, Marta; et al. (2012) THROMBOSIS RESEARCH 130: 123-128
- Aronia melanocarpa extract suppresses the biotoxicity of homocysteine and its metabolite on the hemostatic activity of fibrinogen and plasma. Malinowska, Joanna; Babicz, Karolina; Olas, Beata; et al. (2012) NUTRITION 28: 793-7
- Evolution of Thrombin and Other Hemostatic Proteases by Survey of Protochordate, Hemichordate, and Echinoderm Genomes. Ponczek, Michal B.; Bijak, Michal Z.; Nowak, Pawel Z. (2012) JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION 74: 319-331
- Effect of short-term cryostimulation on antioxidative status and its clinical applications in humans. Miller, Elzbieta; Markiewicz, Lukasz; Saluk, Joanna; et al. (2012) EUROPEAN JOURNAL OF APPLIED PHYSIOLOGY 112: 1645-1652
- The Oxidative Stress May be Induced by the Elevated Homocysteine in Schizophrenic Patients. Dietrich-Muszalska, Anna; Malinowska, Joanna; Olas, Beata; et al. (2012) NEUROCHEMICAL RESEARCH 37: 1057-1062
- Homocysteine and its thiolactone impair plasmin activity induced by urokinase or streptokinase in vitro. Kolodziejczyk-Czepas, Joanna; Talar, Beata; Nowak, Pawel; et al. (2012) INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES 50: 754-758
- Epicatechin Inhibits Human Plasma Lipid Peroxidation Caused by Haloperidol In Vitro. Dietrich-Muszalska, Anna; Kontek, Bogdan; Olas, Beata; et al. (2012) NEUROCHEMICAL RESEARCH 37: 557-562
- Role of reactive nitrogen species in blood platelet functions. Olas, Beata; Wachowicz, Barbara (2007) PLATELETS 18: 555-565
- Comparative anti-platelet and antioxidant properties of polyphenol-rich extracts from: berries of Aronia melanocarpa, seeds of grape and bark of Yucca schidigera in vitro. Olas, Beata; Wachowicz, Barbara; Tomczak, Anna; et al. (2008) PLATELETS 19: 70-77
- Oxidative/Nitrative Modifications of Plasma Proteins and Thiols from Patients with Schizophrenia. Dietrich-Muszalska, Anna; Olas, Beata; Glowacki, Rafal; et al. (2009) NEUROPSYCHOBIOLOGY 59: 1-7
- Isoprostenes as indicators of oxidative stress in schizophrenia. Dietrich-Muszalska, Anna; Olas, Beata (2009) WORLD JOURNAL OF BIOLOGICAL PSYCHIATRY 10: 27-33
- Different vulnerability of fibrinogen subunits to oxidative/nitrative modifications induced by peroxynitrite: Functional consequences. Nowak, Pawel; Zbikowska, Halina M.; Ponczek, Michal; et al. (2007) THROMBOSIS RESEARCH 121: 163-174
- Evolution of the contact phase of vertebrate blood coagulation. Ponczek, M. B.; Gailani, D.; Doolittle, R. F. (2008) JOURNAL OF THROMBOSIS AND HAEMOSTASIS 6: 1876-1883