KATEDRA BIOCHEMII OGÓLNEJ

KATEDRA BIOCHEMII OGÓLNEJ                                                     ENGLISH                  

Kierownik Katedry: dr hab. Paweł Nowak, prof. nadzw.

Adres:Gmach Biologii Molekularnej (Budynek D)

ul. Pomorska 141/143

90-236 Łódź

 

Tel: +48 42 635 44 82

Fax: +48 42 635 44 84

e-mail:

Adres/link biol.uni.lodz.pl/biochogl

 

Pracownicy:

Imię i nazwisko	Telefon	e-mail	Budynek/pokój	Konsultacje
dr hab. Paweł Nowak, prof. nadzw. (Kierownik Katedry)	+48426354485	pawel.nowak(at)biol.uni.lodz.pl	D / Bch33	cz. 11:00–12:30
dr hab. Beata Olas, prof. nadzw.	+48426655808 !wewnętrzny: 95808	beata.olas(at)biol.uni.lodz.pl	D / Bch52	pn. 11:00–12:00
dr hab. Joanna Saluk-Bijak, prof. nadzw.	+48426354336	saluk(at)biol.uni.lodz.pl	D / Bch32	śr. 11:00–12:30
dr hab. Małgorzata Żbikowska, prof. nadzw.	+48426354483	zbikow(at)biol.uni.lodz.pl	D / Bch30	śr. 12:15–13:45
dr hab. Michał Ponczek, adiunkt	+48426354483	michal.ponczek(at)biol.uni.lodz.pl	D / Bch31	śr. 10:00–11:30
dr hab. Michał Bijak adiunkt	+48426354336	michal.bijak(at)biol.uni.lodz.pl	D / Bch32	pn. 12:30-14:00
dr hab Joanna Kołodziejczyk-Czepas, adiunkt	+48426354483	joanna.kolodziejczyk(at)biol.uni.lodz.pl	D / Bch31	pt. 12:00–13:30
dr Bogdan Kontek, adiunkt	+48426655808	bogdan.kontek(at)biol.uni.lodz.pl	D / Bch52	pn. 12:00–13:30
mgr Joanna Boisse			D / Bch42

 

Doktoranci:

Imię i nazwisko	Telefon	e-mail	Konsultacje
		pokój D / Bch50:
mgr Weronika Adach	426354482	weronika.adach(at)biol.uni.lodz.pl	pn. 10:30-12:00
mgr Kamila Czubak	426354482	kamila.czubak(at)biol.uni.odz.pl	cz. 10:00-11:30
mgr Angela Dziedzic	426354482	angela.dziedzic(at)unilodz.eu	pn. 12:00-13:30
mgr Bernadetta Lis	426354482	bernadetta.lis(at)biol.uni.lodz.pl	wt. 10:00-11:30
mgr Agata Rolnik	426354482	agata.rolnik(at)unilodz.eu	wt. 10:10-11:30
mgr Bartosz Skalski	426354482	bartosz.skalski(at)biol.uni.lodz.pl	wt. 10:00-11:30
mgr Rafał Szelenberger	426354482	rafal.szelenberger(at)unilodz.eu	pn. 12:00-13:30
mgr Małgorzata Tomczyńska	426354482	malgorzata.tomczynska(at)biol.uni.lodz.pl
mgr Edyta Janik	426354482

 

Katedra Biochemii Ogólnej istnieje od 1992 roku, kiedy wyodrębniła się z Katedry Biochemii.

Tematyka badań: 

• Krzepnięcie krwi i fibrynoliza, aktywacja płytek krwi, znaczenie reaktywnych form tlenu i azotu w aktywacji płytek krwi, mechanizm działania nadtlenoazotynu, homocysteiny i siarkowodoru na układ hemostazy

• Działanie wybranych aktywatorów i inhibitorów hemostazy na metabolizm i funkcje hemostatyczne płytek krwi i białek hemostazy

• Mechanizmy modyfikacji białek krzepnięcia krwi wywoływanych przez reaktywne formy azotu i tlenu

• Ochronna rola antyoksydantów przed działaniem reaktywnych form tlenu i azotu na układ hemostazy

• Biomarkery stresu oksydacyjnego w procesie hemostazy w wybranych stanach patologicznych oraz znaczenie różnych antyoksydantów

• Ocena markerów stresu oksydacyjnego i równowagi pro- i antykoagulacyjnej w wybranych stanach patologicznych

• Proteomika płytek krwi w stanach prawidłowych i w stanach patologicznych

• Ewolucja molekularna białek hemostazy, analiza bioinformatyczna sekwencji aminokwasowych oraz domen białek hemostazy, w oparciu o przeszukiwanie zsekwencjonowanych genomów kręgowców

• Modelowanie homologiczne i dynamika molekularna białek hemostazy

• Dokowanie małocząsteczkowych ligandów w poszukiwaniu modulatorów białek hemostazy

• Możliwości wykorzystania promieniowania jonizującego do inaktywacji patogenów w białkach osocza krwi

• Otrzymywanie preparatów krwiopochodnych przeznaczonych do transfuzji (erytrocyty, płytki krwi) i do produkcji bioterapeutyków (białka osocza) z zastosowaniem promieniowania jonizującego; radioochronna rola antyoksydantów

• Poznanie nowych naturalnych i syntetycznych antyoksydantów oraz mechanizmów ich ochronnego działania w stresie oksydacyjnym

• Badanie wybranych ekstraktow roslinnych jako potencjalnych antykoagulantów, antyoksydantów i związków antypłytkowych; możliwości ich zastosowania w profilaktyce i leczeniu chorób cywilizacyjnych

• Interakcje płytek krwi z lipopolisacharydami

Realizowane projekty:

Development of CBRN training programme for police officers - projekt w ramach programu Unii Europejskiej, ERASMUS+ KA2 PARTNERSTWA STRATEGICZNE (lata realizacji 2016-2019)

Potencjał prozdrowotny owoców jarzębu pospolitego (Sorbus aucuparia L.) - badania in vitro NCN (lata realizacji 2018-2020)

Standaryzacja i aktywność biologiczna kwiatów śliwy tarniny (Prunus spinosa L.) w kontekście chorób układu krążenia NCN (lata realizacji (2018-2020)

Molekularne mechanizmy wzmożonej aktywności prozakrzepowej płytek krwi w stwardnieniu rozsianym - projekt finansowany przez NCN (lata realizacji 2017-2020)

Metabolity wtórne owoców, liści oraz gałązek rokitnika zwyczajnego (Hippophae rhamnoides L.) jako naturalne substancje bioaktywne - projekt finansowany przez NCN (lata realizacji 2016-2019)

Fenolowe frakcje z różnych organów mniszka pospolitego (Taraxacum officinale) jako potencjalne modulatory hemostazy - projekt finansowany przez NCN (lata realizacji 2018-2020)

Określenie strukturalnych i funkcjonalnych zmian w cytoszkielecie płytek krwi jako potencjalnych czynników wzmożonej aktywności prozakrzepowej występującej w stwardnieniu rozsianym - projekt finansowany przez NCN (lata realizacji 2018-2021)

Zakończone projekty:

Support for European Union action in the field of CBRN security managers educations - projekt w ramach programu Unii Europejskiej, Internal Security Fund Police (lata realizacji 2016-2018)

Biochemiczne podstawy działania roślin leczniczych - wstępna ocena właściwości przeciwzapalnych i przeciwutleniających ekstraktów z połonicznika (Herniaria L.) konkurs MINIATURA 1 (NCN; lata realizacji 2017-2018)

Ocena wpływu flawonolignanów na aktywację szlaku receptora P2Y12 w płytkach krwi konkurs MINIATURA 1 (NCN; lata realizacji 2017-2018)

Identyfikacja sekwencji nukleotydowych aktywujących czynniki kontaktu w osoczu krwi człowieka za pomocą sekwencjonowania następnej generacji (NGS) - znaczenie dla patogenezy powikłań zakrzepowo-zatorowych” konkurs MINIATURA 1 (NCN; lata realizacji 2017-2018)

Metabolity wtórne części nadziemnych Pulmonaria officinalis L. i ich aktywność biologiczna - projekt finansowany przez NCN ( lata realizacji 2014-2017)

Substancje swoiste korzeni Kalanchoe daigremontiana i ich aktywność biologiczna - projekt finansowany przez NCN (lata realizacji 2013-2015)

WROVASC - Zintegrowane Centrum Medycyny Sercowo-Naczyniowej - projekt współfinansowany przez UE w ramach Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka na lata 2007-2013. Priorytet 1. Badania i rozwój nowych technologii. Działanie 1.1. Wsparcie badań naukowych dla gospodarki opartej na wiedzy. Poddziałanie 1.1.2. Strategiczne programy badań naukowych i rozwoju. Zadanie 17. Antykoagulanty pochodzenia roślinnego w celu stosowania w zapobieganiu i leczeniu zakrzepic

Współprace naukowe:

• Politechnika Wrocławska; Wydział Chemiczny; Zakład Chemii Medycznej i Mikrobiologii

• Politechnika Łódzka; Wydział Chemiczny; Międzyresortowy Instytut Techniki Radiacyjnej 

• Państwowy Instytut Badawczy w Puławach, Instytut Uprawy Nawożenia i Gleboznawstwa (IUNG), Zakład Biochemii i Jakości Plonów (Instytut Uprawy Nawożenia i Gleboznawstwa (IUNG)
  

• Klinika Chirurgii Onkologicznej, Katedra Onkologii, Uniwersytet Medyczny w Łodzi (Wojewódzki Specjalistyczny Szpital im. M. Kopernika w Łodzi)

• Zakład Farmakognozji, Katedra Farmakognozji Uniwersytetu Medycznego w Łodzi

• Zakład Chemii Surowców Kosmetycznych, Katedra Kosmetologii Uniwersytetu Medycznego w Łodzi

 

Usługi/Ekspertyzy:

• Preparatyka białek osocza: izolowanie fibrynogenu, plazminogenu, ceruloplazminy

• Oznaczanie markerów aktywacji płytek (Tromboksan B2, ekspresja selektyny P, fosfatydyloseryny, aktywnej formy receptora dla fibrynogenu).

• Monitorowanie leczenia przeciwpłytkowego (pomiar agregacji, adhezji i sekrecji płytek).

• Oznaczanie markerów stresu oksydacyjnego: peroksydacji lipidów (TBARS, izoprostany), utleniania i nitrowania białek (nadtlenki, grupy karboksylowe, 3-nitrotyrozyna), grupy tioliowe.

• Kinetyka polimeryzacji i lizy włóknika w osoczu i w preparatach fibrynogenu.

• Oznaczanie poziomu i aktywność czynników/inhibitorów krzepnięcia i fibrynolizy w osoczu (fibrynogen, cz.XIII, plazminogen, cz.X, PAI-1, TAFI)

• Pomiary koagulologiczne: czas protrombinowy (PT), czas kaolinowo-kefalinowy (APTT) czas trombinowy, fibrynogen

• Analizy bioinformatyczne białek (wyszukiwanie i przyrównywanie sekwencji aminokwasowych, badania filogenetyczne w oparciu o sekwencje aminokwasowe, dokowanie ligandów, modelowanie homologiczne białek i dynamika molekularna białek)

Tematyka prac dyplomowych:

Wpływ czynników fizycznych (promieniowanie jonizujące) i chemicznych (nadtlenoazotyn, nadtlenek wodoru, homocysteina, siarkowodór, przeciwutleniacze roślinne) na stan hemostazy (definiowany jako równowaga pomiędzy procesami prozakrzepowymi a procesami przeciwzakrzepowymi) i równowagę oksydacyjno/nitracyjną we krwi (przeciwutleniacze, reaktywne formy tlenu i azotu, stres oksydacyjny), osoczu i płytkach krwi. Bioinformatyczne i filogenetyczne powiązania białek uczestniczących w hemostazie.

Wyposażenie techniczne laboratoriów:

Wyposażenie techniczne laboratoriów:

− cytometr przepływowy CyFlow Cube 6 (Sysmex-Partec)

− system Real-Time cFX96 (BIO-RAD)

− automatyczny czytnik komórek TC20 (BIO-RAD)

− spektrofotometryczny czytnik mikropłytek SPECTROstar Nano (BMG Labtech)

− filtrowy czytnik kolorometryczny mikropłytek iMark^tm (Bio-Rad)

− filtrowy fluorometryczny czytnik mikropłytek Fluoroscan^tm (Termoscientific)

− Qbit 3 fluorymetr (Invitrogen)

− spektrofotometr UV-Vis Helios α (Unicam)

− fotometr SEMCO S/Ef (Emco)

− agregometr dwukanałowy Chronolog490 (Chronolog)

− koagulometr K-3002 Optic  (Kselmed)

− 2 cieplarki EN400 (Nüve, POL-EKO Aparatura)

− lodówki i zamrażalki (15) w tym na -80°C (Froilabo)

− wirówki:

•       Sigma 3430 26323 RCF (Sigma)

•       (2) MPW 352R (MPW)

•       MPW 370 4500 RPM (MPW)

•       MPW 260R (MPW)

•       Biofuge fresco 13000 RPM (Heraeus)

•       Mikro 120 14000 RPM (Hettich)

− wagi:

•       AS 60/220 R2 min 1 mg d-0,01/0,1 mg (Radwag)

•       PS 200/200 R2 min 0,02 g d=0,001 g (Radwag)

− 3 komory laminarne (I kl. (Termo Scientific), II kl. (Polon), UVT-S AR DNA/RNA cleaner box (Biosan)

− Inkubator CO2 EC160 do hodowli komórek (Nüve)

− 2 przenośœnie lampy UV (Emita VP-60)

− wytrząsarki i kołyski

− aparaty do elektroforezy i elektrotransferu:

•       Mini-protean (Bio-Rad)

•       Mini-protean Tetra Cell (Bio-Rad)

•       PROTEAN i12^tm IEF SystemF Cell (BIO-RAD)

•       Omni PAGE CVS10CBS (Cleaver)

Stosowane techniki laboratoryjne:

− Cytometria przepływowa

− Elektroforeza, w tym 2D i western blot (immunoblot)

− ELISA i oznaczenie parametrów kinetycznych substratów chromogenicznych na mikropłytkach

− Agregometria, koagulometria, pomiary plimeryzacji i lizy włóknika

− Spektrofotometria

Możliwe formy współpracy z przedsiębiorstwami i jednostkami naukowymi w zakresie:

− przeprowadzenia analiz w ramach stosowanych technik badawczych, w szczególności wykonania analiz, opracowań metod i ekspertyz oraz doradztwa w ramach: oznaczania markerów aktywacji płytek (tromboksanu B2, ekspresji selektyny P, fosfatydyloseryny, aktywnej formy receptora dla fibrynogenu), monitorowania leczenia przeciwpłytkowego (pomiary agregacji, adhezji i sekrecji płytek), oznaczania markerów stresu oksydacyjnego (utleniania i nitrowania białek: nadtlenki, grupy karboksylowe, 3-nitrotyrozyna, poziom wolnych grup tiolowych, peroksydacji lipidów: TBARS, izoprostany), oznaczania kinetyki reakcji enzymatycznych (pomiary chromogenne aktywności enzymów, pomiary polimeryzacji i lizy włóknika w osoczu i preparatach fibrynogenu), oznaczania poziomu i aktywności czynników/inhibitorów krzepnięcia i fibrynolizy w osoczu (fibrynogenu, trombiny, czynników X, XI, XIII, plazminogenu, PAI-1, TAFI), detekcji czynników krzepnięcia (immunoprecypitacja, SDS-PAGE, immunoblotting), izolowania białek osocza (fibrynogenu, plazminogenu, albumin, globulin), analizy bioinformatycznej białek (wyszukiwania i analizy sekwencji aminokwasowych, modelowania molekularnego makrocząsteczek, modelowania homologicznego białek, dokowania ligandów in silico).

Stosowane techniki laboratoryjne:

− Agregometria i koagulometria,

− Cytometria przepływowa,

− Elektroforeza i western blot (immunoblot),

− ELISA,

− RT-PCR,

− Spektrofotometria.

Możliwe formy współpracy z przedsiębiorstwami w zakresie usług:

− gotowość przeprowadzenia analiz w ramach stosowanych technik badawczych, w szczególności wykonania analiz, opracowań metod i ekspertyz oraz doradztwo w zakresie: oznaczania markerów aktywacji płytek (tromboksan B2, ekspresja selektyny P, fosfatydyloseryny, aktywnej formy receptora dla fibrynogenu), monitorowania leczenia przeciwpłytkowego (pomiar agregacji, adhezji i sekrecji płytek), oznaczania markerów stresu oksydacyjnego (utleniania i nitrowania białek: nadtlenki, grupy karboksylowe, 3-nitrotyrozyna, poziom wolnych grup tiolowych, peroksydacji lipidów: TBARS, izoprostany), oznaczania kinetyki reakcji enzymatycznych (pomiary chromogenne aktywności enzymów, pomiary polimeryzacji i lizy włóknika w osoczu i preparatach fibrynogenu), oznaczania poziomu i aktywności czynników/inhibitorów krzepnięcia i fibrynolizy w osoczu (fibrynogen, trombina, czynniki X, XI, XIII, plazminogen, PAI-1, TAFI), detekcji czynników krzepnięcia (immunoprecypitacja, immunoblotting), izolowania białek osocza (fibrynogenu, plazminogenu, albumin, globulin), analizy bioinformatycznej białek (wyszukiwanie i analiza sekwencji aminokwasowych, modelowanie molekularne makrocząsteczek, modelowanie homologiczne białek, dokowanie ligandów in silico).

Materiały dla studentów:

web.biol.uni.lodz.pl/~biochogl/index.php?strona=4

Computers in molecular biology and biotechnology

Przydatne linki:

ZAPRASZAMY NA FACEBOOKOWE STRONY:

Wydział BiOŚ
Katedra Biochemii Ogólnej
Computers in Molecular Biology and Biotechnology - sequence analysis, simulations, docking and macromolecular dynamics
Bioinformatyka w Łodzi

Oraz inne strony jak:

• PL GRID - ogólnopolska infrastruktura gridowa wspomagająca badania naukowe
  
• Studenckie Koło Biochemiczne
• EMBO - The European Molecular Biology Organization
• FNP - Fundacja na rzecz Nauki Polskiej
• Russel F. Doolittle Lab
• COMPLEXITY EXPLAINED by Vinod K. Wadhawan
• Panda's Thumb by Nicholas J. Matzke
• Pharyngula by Paul Z. Myers
  

Nasze wybrane publikacje:

1. Design, synthesis, X-ray structures of the new coumarin derivatives and perspectives of binding them to albumin and vitamin K epoxide reductase complex subunit 1.Kasperkiewicz K, Malecka M, Ponczek MB, Nowak P, Budzisz E. CRYSTAL GROWTH & DESIGN. (2016)  16: 456-466
2. Peroxynitrite and fibrinolytic system - the effects of peroxynitrite on t-PA-induced plasmin activity. Kolodziejczyk-Czepas J, Ponczek MB, Nowak P. INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES. (2015)  81: 212-219
3. Polyphenol compounds belonging to flavonoids inhibit activity of coagulation factor X. Bijak M, Ponczek MB, Nowak P. INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES. (2014) 65:  129-135
4. Protective effects of grape seed extract against oxidative and nitrative damage of plasma proteins. Bijak, Michal; Kolodziejczyk-Czepas, Joanna; Ponczek, Michal Blazej; et al. (2012) INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES  51: 183-187
   
5. Irradiation dose-dependent oxidative changes in red blood cells for transfusion. Zbikowska, Halina Malgorzata; Antosik, Adam (2012) INTERNATIONAL JOURNAL OF RADIATION BIOLOGY  88: 654-660
6. Protective effects of (-)-epicatechin against nitrative modifications of fibrinogen. Bijak, Michal; Nowak, Pawel; Borowiecka, Marta; et al. (2012) THROMBOSIS RESEARCH  130: 123-128
7. Aronia melanocarpa extract suppresses the biotoxicity of homocysteine and its metabolite on the hemostatic activity of fibrinogen and plasma. Malinowska, Joanna; Babicz, Karolina; Olas, Beata; et al. (2012) NUTRITION  28: 793-7
   
8. Evolution of Thrombin and Other Hemostatic Proteases by Survey of Protochordate, Hemichordate, and Echinoderm Genomes. Ponczek, Michal B.; Bijak, Michal Z.; Nowak, Pawel Z. (2012) JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION  74: 319-331
9. Effect of short-term cryostimulation on antioxidative status and its clinical applications in humans. Miller, Elzbieta; Markiewicz, Lukasz; Saluk, Joanna; et al. (2012) EUROPEAN JOURNAL OF APPLIED PHYSIOLOGY  112: 1645-1652
10. The Oxidative Stress May be Induced by the Elevated Homocysteine in Schizophrenic Patients. Dietrich-Muszalska, Anna; Malinowska, Joanna; Olas, Beata; et al. (2012) NEUROCHEMICAL RESEARCH  37: 1057-1062
11. Homocysteine and its thiolactone impair plasmin activity induced by urokinase or streptokinase in vitro. Kolodziejczyk-Czepas, Joanna; Talar, Beata; Nowak, Pawel; et al. (2012) INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES  50: 754-758
12. Epicatechin Inhibits Human Plasma Lipid Peroxidation Caused by Haloperidol In Vitro. Dietrich-Muszalska, Anna; Kontek, Bogdan; Olas, Beata; et al. (2012) NEUROCHEMICAL RESEARCH  37: 557-562
13. Role of reactive nitrogen species in blood platelet functions. Olas, Beata; Wachowicz, Barbara (2007) PLATELETS  18: 555-565 
14. Comparative anti-platelet and antioxidant properties of polyphenol-rich extracts from: berries of Aronia melanocarpa, seeds of grape and bark of Yucca schidigera in vitro. Olas, Beata; Wachowicz, Barbara; Tomczak, Anna; et al. (2008) PLATELETS  19: 70-77 
15. Oxidative/Nitrative Modifications of Plasma Proteins and Thiols from Patients with Schizophrenia. Dietrich-Muszalska, Anna; Olas, Beata; Glowacki, Rafal; et al. (2009) NEUROPSYCHOBIOLOGY  59: 1-7 
    
16. Isoprostenes as indicators of oxidative stress in schizophrenia. Dietrich-Muszalska, Anna; Olas, Beata (2009) WORLD JOURNAL OF BIOLOGICAL PSYCHIATRY  10: 27-33 
17. Different vulnerability of fibrinogen subunits to oxidative/nitrative modifications induced by peroxynitrite: Functional consequences. Nowak, Pawel; Zbikowska, Halina M.; Ponczek, Michal; et al. (2007) THROMBOSIS RESEARCH  121: 163-174 
18. Evolution of the contact phase of vertebrate blood coagulation. Ponczek, M. B.; Gailani, D.; Doolittle, R. F. (2008) JOURNAL OF THROMBOSIS AND HAEMOSTASIS  6: 1876-1883